百程旅行网曾于2008年3月获得富达亚洲、银瑞达千万美元A轮投资;2014年3月曾完成由阿里牵头的近2000万美元B轮融资。2015年7月，百程旅行网号称将完成千和资本领投，点睛资本、飞猪资本、博雅资本等新兴投资机构跟投的2亿元融资。
根据百程旅行网提交的 2018 年半年报显示，杭州阿里创业投资有限公司持股16.47%，为第二大股东。
2016年4月，百程成功挂牌新三板，成为O2O出境旅游第一股。然而，登陆新三板后，百程的经营状况并不乐观。2013年至2018年上半年，百程旅行净利润均为亏损状态，亏损额分别为1761万元、3663万元、3935万元、4511万元、2795万元以及1286万元。
2019年7月18日，百程旅行发布公告称在新三板终止挂牌。
